中國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所（The Institute of Subtropical Agriculture, The Chinese Academy of Sciences.）的前身是中國(guó)科學(xué)院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，成立于1978年6月19日，所址選在湖南省桃源縣城關(guān)鎮(zhèn)漁父路，第一任所長(zhǎng)為著名土壤學(xué)家李慶逵院士。1979年從湖南省桃源縣遷至湖南省會(huì)長(zhǎng)沙，并更名為中國(guó)科學(xué)院長(zhǎng)沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所，所部位于湖南省長(zhǎng)沙市芙蓉區(qū)遠(yuǎn)大二路。2002年5月，研究所整體進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列，其學(xué)科方向調(diào)整為亞熱帶復(fù)合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué)，2003年10月更名為中國(guó)科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所。