中國科學(xué)院亞熱帶農業(yè)生態(tài)研究所(The Institute of Subtropical Agriculture, The Chinese Academy of Sciences.)的前身是中國科學(xué)院桃源農業(yè)現代化研究所,成立于1978年6月19日,所址選在湖南省桃源縣城關(guān)鎮漁父路,第一任所長(cháng)為著(zhù)名土壤學(xué)家李慶逵院士。1979年從湖南省桃源縣遷至湖南省會(huì )長(cháng)沙,并更名為中國科學(xué)院長(cháng)沙農業(yè)現代化研究所,所部位于湖南省長(cháng)沙市芙蓉區遠大二路。2002年5月,研究所整體進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng )新工程試點(diǎn)序列,其學(xué)科方向調整為亞熱帶復合農業(yè)生態(tài)系統生態(tài)學(xué),2003年10月更名為中國科學(xué)院亞熱帶農業(yè)生態(tài)研究所。